Sehubungan dengan adanya Peraturan Menteri Tenaga Kerja nomor : PER.05/MEN/1998 tentang Pendaftaran Organisasi Pekerja, maka PP. KPI kembali mendaftarkan KPI ke Depnaker dan selanjutnya oleh Depnaker pusat diberikan nomor pendaftaran : 09/OP.GSP.KPI/DFT/BW/VIII/1998 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Tenaga Kerja R.I. nomor : KEP.241/M/BW/1998 tanggal 24 Agustus 1998.

Periode Reformasi KPI.

KPI sebagai organisasi profesi yang semestinya dipimpin dan diatur oleh para pelaut, sejak berdirinya diintervensi oleh kepentingan-kepentingan penguasa dan lebih banyak dipimpin/diurus oleh pejabat-pejabat atau pensiunan PNS, sehingga organisasi tidak dapat secara maksimal memperjuangkan kepentingan pelaut Indonesia secara umum maupun pelaut Indonesia anggota KPI secara khusus.

Seiring dengan pergantian peta perpolitikan dalam Negara dan tuntutan-tuntatan akan demokrasi yang melanda alam Republik Indonesia, maka mulai timbul rasa ketidak puasan dan keberanian dari pelaut-pelaut anggota KPI untuk mengkritisi kinerja Pengurus Pusat KPI yang dianggap tidak membela kepentingan pelaut dan terlalu terkontaminasi oleh kepentingan penguasa serta tidak sesuai lagi dengan arus reformasi bangsa.

Kepengurusan PP.KPI yang lebih banyak diisi oleh mantan pejabat/pensiunan bahkan pejabat pemerintah yang masih berdinas aktif serta orang yang bukan pelautdipandang oleh pelaut-pelaut anggota KPI sangat bertentangan dengan ketentuan Konvensi ILO no. 87 tahun 1948 yang telah diratifikasi oleh Pemerintah R.I. dengan Keputusan Presiden R.I. nomor : 83 Tahun 1998 dan Konvensi ILO nomor 98 Tahun 1949 yang sudah sejak lama diratifikasi oleh Pemerintah R.I. yaitu dengan Undang Undang R.I. nomor 18 Tahun 1956.

Demikian juga halnya, keberadaan pejabat maupun pensiunan PNS dan orang yang bukan pelaut adalah sangat bertentangan dengan prinsip-prinsip dasar Undang Undang R.I. nomor 21 Tahun 2000 tentang Serikat Pekerja/Serikat Buruh.

Ketidakpuasan dan keprihatinan atas kondisi KPI juga menjadi perhatian ITF selaku induk afiliasi KPI ditingkat internasional. Untuk membantu PP.KPI menyelesaikan persoalan organisasi maka ITF mengirim beberapa orang perwakilannya ke Jakarta dan bertemu dengan PP.KPI pada tanggal 8-9 Desember 1999.

Utusan ITF tersebut adalah :

1. Mr. Soshiro Nakanishi, Anggota EB ITF & Ketua APRC/APRSC;
2. Mr. Thomas Tay, Wakil Ketua Seksi Pelaut ITF;
3. Mr. Shigeru Wada, Sekretaris Regional ITF Asia-Pasifik; dan
4. Mr. Stephen Cotton, Asisten Sekretaris ITF Special Seafarers Department.

Dalam pertemuan antara perwakilan ITF dengan PP.KPI yang dilaksanakan di Jakarta. ITF menyampaikan beberapa hal yang harus diperhatikan serta dilaksanakan oleh PP.KPI, yaitu :

1. Melaksanakan amandemen terhadap AD KPI untuk menjadikan KPI sebagai organisasi serikat buruh yang mandiri sesuai Konvensi ILO No. 87.
2. Restrukturisasi kepengurusan PP.KPI sehingga KPI dapat memberikan pelayanan maksimal kepada anggota dan sesuai dengan kebijakan ITF.
3. Mempersiapkan pelaksanaan Munaslub secepatnya untuk mengimplementasikan point 1 & 2 diatas.

Selanjutnya pada tanggal 9 Februari 2000 ditandatanganilah Memorandum of Agreement antara PP.KPI dengan ITF yang memuat beberapa hal pokok, antara lain :

1. PP.KPI akan melaksanakan Munas Luar Biasa pada tanggal 15 April 2000 guna melakukan perubahan atas AD KPI sebagai persiapan pelaksanaan Munas berikut.
2. Melakukan perubahan terhadap beberapa hal yang ada dalam AD KPI terutama menyangkut :
a. Penyebutan Konvensi ILO no. 87 & 98 dalam AD KPI.
b. Sifat & afiliasi organisasi.
c. Keanggotaan.
d. Hak-hak anggota.
e. Komposisi Organisasi.
f. Bagan Organisasi.
g. Kongres dan pertemuan organisasi.
h. Struktur Pengurus Pusat.
i. Pembubaran Organisasi.

Munaslub KPI dilaksanakan pada tanggal 22 April 2000 di Purwakarta, Jawa Barat, namun hasilnya jauh dari yang diharapkan oleh pelaut-pelaut anggota KPI maupun ITF, karena tidak menghasilkan sesuatu yang secara signifikan menunjukkan perubahan dalam tubuh KPI. Hal itu menyebabkan pelaut-pelaut anggota KPI semakin merasa frustasi dengan kondisi organisasi. Begitu pula sejak selesainya “Munaslub” tersebut mulai terdengar suara-suara kritis dari beberapa Pengurus Cabang yang merasa tidak puas atas kinerja dan tindak-tanduk beberapa orang PP.KPI yang semakin tidak terarah.

Berdasarkan hasil Rapat Kerja Nasional KPI tahun 2000 yang dilaksanakan di Semarang pada tanggal 26 s/d 27 Oktober 2000 maka diselenggarakanlah Musyawarah Nasional (Munas) KPI yang ke V di Malino Sulawesi Selatan pada tanggal 15 s/d 17 Februari 2001, yang diikuti oleh peserta dari kantor-kantor cabang KPI dan ITF mengirim perwakilan untuk memantau.

Munas tersebut akhirnya dead-lock karena PP.KPI tidak dapat mempertanggung jawabkan laporan keuangan dan asset-aset organisasi, sehingga laporan pertanggungjawaban PP.KPI ditolak oleh sebagian besar peserta.

ITF yang risau dengan kondisi KPI mengeluarkan peringatan keras dan mengancam untuk mengeluarkan KPI dari keanggotaan afiliasinya apabila keadaan terus berlarut-larut.

Melihat kondisi organisasi yang semakin terpuruk dan mengarah kepada kehancuran maka pelaut-pelaut anggota KPI menggelar demo besar-besaran mendatangi kantor Departemen Perhubungan menuntut agar pemerintah tidak terlibat serta campur tangan dalam urusan organisasi KPI dan mencabut semua orang-orang pemerintah (PNS) baik yang masih aktif maupun pensiunan dari organisasi KPI.

Selanjutnya dengan dibantu oleh DPP K-SPSI dan ITF, pelaut-pelaut anggota KPI segera membentuk Karetaker PP.KPI dan Panitia pelaksanaan Musyawarah Nasional Luar Biasa (Munaslub) yang bertujuan untuk menyelamatkan organisasi dari kehancuran.

Munaslub KPI diselenggarakan pada tanggal 7-9 April 2001 bertempat di Hotel Cempaka Jakarta Pusat, diikuti oleh 260 orang pelaut anggota, baik dari unsur Pengurus Cabang, Pengurus Unit Khusus, Pelaut Kapal Asing dan Pelaut Kapal Nasional. Munaslub KPI dibuka oleh Menteri Perhubungan yang diwakili oleh Dirjen Perhubungan Laut, Ir. Tjuk Sukardiman, dan ditutup oleh Menteri Tenaga Kerja yang diwakili oleh Direktur PLHI Ditjen Binawas, Drs. Mardjono. ITF sendiri menghadiri acara Munaslub tersebut dengan mengirimkan perwakilannya termasuk perwakilan dari Japan Seamens Union.

Munaslub KPI menghasilkan komposisi kepengurusan Pimpinan Pusat KPI sebagai berikut :

PENGURUS PUSAT KESATUAN PELAUT INDONESIA
Periode : 2001 s/d 2004

Ketua Umum : Hanafi Rustandi
Ketua I, Bidang Hub. Luar Negeri : Wisnu Baskoro
Ketua II, Bidang Naker & Diklat : A. Muis Mahdi
Ketua III, Bidang Organisasi : Edison Hutasoit
Sekretaris Jenderal : Matius Tambing
Sekretaris : Sonny Pattiselanno

Selain memilih PP.KPI sebagai pimpinan dan pelaksana organisasi maka Munaslub juga memilih 35 orang Perwakilan Anggota guna membantu pelaksanaan tugas PP.KPI.

Periode Paska Munaslub KPI

PP.KPI yang terpilih dalam Munaslub dimaksud hari itu juga mendapat pengakuan dari ITF dan semua serikat buruh pelaut afiliasi ITF yang ada di 135 negara didunia, demikian juga didalam negeri sendiri.

Dengan demikian, organisasi KPI dapat terselamatkan dari kehancuran. PPKPI segera melakukan langkah-langkah darurat untuk menempatkan kembali organisasi pada jalur yang semestinya dan hal-hal lain yang terkait dengan aktivitas rutin organisasi, terutama menyangkut proses administrasi pengawakan sehingga tidak ada hambatan dalam kegiatan penempatan anggota untuk bekerja dikapal.

PP.KPI juga segera melakukan langkah-langkah pencegahan penggunaan nama organisasi oleh oknum-oknum yang tidak bertanggung jawab, yaitu dengan :

1. Melakukan pendaftaran dan pencatatan ulang KPI di Kantor Dinas Tenaga Kerja DKI Jakarta, untuk memenuhi ketentuan Kepmenaker no : Kep.16/Men/2001 tentang Tatacara Pencatatan Serikat Pekerja/Serikat Buruh. Dan oleh Kantor Dinas Tenaga Kerja DKI Jakarta diberikan Tanda Bukti Pencatatan dengan nomor : 36/I/N/V/2001 tanggal 3 Mei 2001 yang ditandatangani oleh Kepala Kantor Dinas Tenaga Kerja Jakarta Pusat.
2. Menteri Tenaga Kerja & Transmigrasi R.I. mengeluarkan surat bernomor 51.OT.01.13.2001 tanggal 18 September 2001 tentang Pengakuan Organisasi Pelaut (KPI).
3. Melakukan pendaftaran logo & nama KPI di Dep. Kehakiman & HAM, dan oleh Dep. Kehakiman & HAM diberikan Surat Pendaftaran Ciptaan tertanggal 13 Pebruari 2002 yang menyatakan bahwa Logo & Nama KPI telah didaftar Hak Patennya dengan nomor : 022173 tanggal 11 Mei 2001 yang ditandatangani oleh Direktur Hak Cipta, Desain Industri, Desain Tata Letak Sirkuit Terpadu dan Rahasia Dagang Ditjen Hak Kekayaan Intelektuan Depkumham R.I.
4. KPI diregistrasi oleh Depnakertrans dalam Daftar Registrasi Asosiasi dengan nomor SSAP.16.1.003 tanggal 14 Agustus 2002 berdasarkan tanda bukti registrasi yang ditanda tangani oleh Dirjen P3TKDN Depnakertrans R.I.
5. Melakukan konsolidasi, pendataan dan pendaftaran ulang pelaut anggota KPI dipusat dan cabang-cabang.

Tercatat bahwa sejak April sampai dengan Desember 2001, KPI telah berhasil membuat Perjanjian Kerja Bersama dengan 15 perusahaan.

PP.KPI hasil Munaslub menghadapi begitu banyak masalah termasuk harus berhadapan dengan tuntutan sdr. Iskandar B. Ilahude Cs. Di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat, dan setelah melalui sidang sebanyak 22 kali (sejak September 2003 – Mei 2024) maka PP.KPI hasil Munaslub dinyatakan sah dan berhak atas pengelolaan organisasi beserta seluruh asset-asetnya oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat dengan Surat Keputusannya nomor : 1818/Pid.B/2003/PN.JKT.PST tanggal 27 Mei 2004 dan selanjutnya diperkuat dengan Putusan Kasasi Mahkamah Agung R.I. nomor : 1443 K/Pid/2004 tanggal 27 Januari 2005.

Posisi KPI dan PP.KPI hasil Munaslub 2001 semakin kuat dengan dikeluarkannya surat dari Dirjen PHI Depnakertrans R.I. nomor: B.453/D.PHI/X/2004 tanggal 21 Oktober 2004 tentang pelarangan terhadap sdr. Iskandar B. Ilahude untuk menggunakan nama dan lambang organisasi yang sama dengan nama & lambang KPI.

Demikian juga KPI semakin eksis dengan dilibatkannya KPI dalam setiap kegiatan dan pengambilan keputusan pemerintah, baik Depnakertrans maupun Dephub, terutama menyangkut permasalahan pelaut Indonesia.

Beberapa kegiatan yang terkait langsung dengan kepentingan pelaut anggota KPI yang telah dilaksanakan, adalah antara lain :
1. Diklat STCW’95 yang diberikan secara gratis kepada pelaut anggota KPI sejak tahun 2002 dan berlangsung terus sampai saat ini. Tercatat sebanyak 2500 pelaut anggota yang telah memanfaatkan fasilitas ini. Untuk pemerataan keseluruh Indonesia, maka sejak tahun 2006 Diklat semacam ini dilaksanakan juga di Makassar yang diikuti oleh pelaut anggota dari wilayah Indonesia Timur dan Tengah.
2. Diklat non-STCW (ship’s cook training) yang dilaksanakan pada bulan November 2002 yang juga diberikan gratis kepada pelaut anggota.
3. Training & seminar perburuhan yang diselenggaran secara kontinyu setiap tahun bekerja sama dengan ITF, Japan International Labour Foundation (JILAF), ILO dan FES.

Untuk memberikan jaminan perlindungan terhadap pelaut-pelaut anggota KPI yang bekerja dikapal-kapal asing, maka KPI telah membuat beberapa perjanjian (Bilateral Agreement) dengan serikat-serikat buruh pelaut afiliasi ITF dan asosiasi pengusaha pelayaran dari beberapa negara, antara lain :

1. Norwegian Seamen’s Union (NSU);
2. Norwegian Maritime Officers’ Association (NMOA);
3. Norwegian Union of Marine Engineers (NUME);
4. Norwegian Shipowners’ Association (NSA);
5. National Chinese Seamen’s Union (NCSU);
6. Italian Seamen Union (FIT/CISL);
7. Singapore Maritime Officers Union (SMOU);
8. Singapore Organization of Seamen (SOS);
9. All Japan Seamen’s Union (JSU);
10. Greece Shipowners’ Association; dan
11. Maritime Union of Australia (MUA).

Sampai dengan akhir Desember 2004, tercatat KPI telah menandatangani PKB sebanyak 92 buah dengan 125 perusahaan pelayaran / manning Agency dalam dan luar negeri.

Untuk memberikan pencitraan yang positif dan guna menampilkan KPI sebagai organisasi yang modern dan professional maka kantor pusat KPI dan kantor cabang Tanjung Priok direnovasi total.

Untuk memenuhi ketentuan dan mekanisme keorganisasian maka sesuai ketentuan AD/ART diselenggarakan Musyawarah Nasional ke VI Kesatuan Pelaut Indonesia yang dilaksanakan di Hotel Mandarin Oriental Jakarta pada tanggal 20-22 Desember 2004, yang diikuti oleh 250 orang pelaut anggota KPI dan Pengurus-Pengurus Cabang.

Pelaksanaan Munas ke VI KPI secara resmi dibuka oleh Menteri Tenaga Kerja & Trans. R.I. dimana Menteri Perhubungan yang diwakili oleh Dirjen Perhubungan Laut turut memberikan sambutan, demikian juga dengan ITF.

Dukungan dan perhatian dunia internasional terhadap pelaksanaan Munas ke VI KPI dibuktikan dengan kehadiran dari perwakilan beberapa serikat buruh pelaut afiliasi ITF, antara lain Norwegian Seamens’ Union (NSU), All Japan Seamen’s Union (JSU), Singapore Maritime Officers’ Union (SMOU), Singapore Organization of Seamen’s (SOS), Maritime Union of Australia (MUA) dan Seamen’s International Union (SIU/Amerika), termasuk International Labour Organisation (ILO).

Munas KPI ke VI di Jakarta tahun 2004, menghasilkan beberapa keputusan penting, yaitu :

1. Menetapkan perubahan sebutan Musyawarah Nasional KPI menjadi Kongres KPI;
2. Menetapkan perubahan AD/ART KPI;
3. Menetapkan Program Umum organisasi untuk periode 2004 – 2009; dan
4. Memilih, menetapkan dan mengesahkan Presiden dan Sekretaris Jenderal KPI periode 2004 – 2009, yaitu :

Presiden : Hanafi Rustandi
Sekretaris Jenderal : Mathius Tambing

Untuk membantu Presiden dan Sekretaris Jenderal dalam melaksanakan tugasnya maka untuk sementara dibentuk perangkat Departemen sesuai lapangan pekerjaan pelaut yang dikoordinir oleh KPI, yaitu :

1. Departemen Pelaut Kapal Perikanan, Ketua : Sonny Pattiselanno
2. Departemen Pelaut Offshore, Ketua : Capt. Ferry Luntungan
3. Departemen Pelaut Kapal Kargo, Tanker & Nasional, Ketua : Edison Hutasoit.
4. Departemen Pelaut Kapal Pesiar, Ketua : Tonny Pangaribuan
5. Departemen Pelaut Wanita, Ketua : Ni Putu Krisna Dewi